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基因测序的云计算平台可能带来的变革与进步

2017-08-17 23:05:21MIR医学仪器与试剂

 

       

        临床感染菌的耐药性不断增强使细菌的药敏试验的重要性日益提高。检验科负有向临床提供准确、可靠的合理用药信息的责任。我闲已将美国临床和实验窒标准化协会(Clinical and Laboratory Standards Institute,CISI)的标准化文件作为国标。国内许多专家多年来为介绍和贯彻此国标作了大量的宣传推广工作。CLSI的部分标准化文件也获准在国内刊印。这极大地推动了我国细菌药敏试验工作的标准化,为抗菌药物的合理应用做出一定贡献。

        但是,目前细菌检验结果能提供的仅是依药敏试验折点来判定细菌对抗菌药物敏感、中介或耐药。国内外有识之士早就发现单靠药敏折点来提示临床用药有许多局限性。如今,在向个体化医学前进的浪潮中对个体化药敏试验报告的呼声渐高。对此我们应有认识上和技术方法上的必要准备。

一、充分认识药敏折点制定的科学性和变动性

        CISI制定药敏折点文件《体外细菌抗生素敏感试验的折点制定标准和质量控制方案》中提出折点制定的如下5个依据:(1)抗菌药物在临床应用和贮存中浓度的稳定性。(2)近期临床分离不同地区有代表性的大量菌株所测定的MIC和抑菌环直径的分布。(3)与疗效相关的药代动力学和药效动力学(pharmacokinetic/pharmacodynamic,PK/PD)数据。(4)体外检测结果与药物应用的临床结局的相关性。(5)分析耐药机制对MIC和抑菌环直径的影响。

由于上述依据中有不少的变数.所以CLSI的标准每年都要修订。无论制定或修订折点均要求依据500株近期分离的不同耐药机制的细菌检验数据.制定或修订后还要经过临床验证才发布。尽管如此.美国的菌株并不能完全代表世界各地的菌株,具决定性的各参数也不尽一致。这些差异性和变动性必然引起在临床应用中的不确定性。

二、个体化药敏试验报告的提出

        当前CLSI药敏折点并非惟一,也不一致:如欧洲国家大多应用欧洲抗菌药物敏感试验委员会制定的折点标准(EUCAST)。日本应用其临床病理学会制定的折点。仅举治疗尿中感染肠杆菌的头孢唑啉的药敏折点为例,CLSI的折点为2 mg/L,EUCAST的折点为lMg/L。美国食品药品管理局(Food and Drags Administration,FDA)为8mg/L。众所周知,美国CLSI和FDA对金黄色葡萄球菌耐万古霉素的药敏折点不同。肠杆菌的药敏折点.FDA尚未采用CISI更新的折点。举例见表1。而美国的临床病理学家学会(CAP)所持态度却较灵活,在其微生物实验室认可标准条文中提出“需应用CLSI文件中制定的折点。但应用其他有效的标准也可接受。我国也有专家指出“不是所有的细菌的耐药性检测都适用CISI标准。这说明CISI制定的折点不是惟一的,也不存在“普遍一致”的药敏折点。

对于依药敏折点判定的结果与临床用药的结局,过去专家们曾达成的共识是90-60原则,是指检测结果为敏感者,用药后90%以上可有疗效:检测结果为耐药者,仍有60%可望在用药后有效。近期的研究统计结果却表明.检测敏感者的用药疗效为75%,检测为耐药者,治疗无效率小于35%。据Murry等的一项有说服力的研究数据,提出头孢噻肟的MIC与临床结局的关系如下,见表2。

        可见,检测结果为耐药者的临床治愈和改善率达64%,只依据MIC来选用药物有相当大的局限性:专家们曾建议应同时应用PK/PD折点、Monte Carlo分析等参数。但许多参数难以常规提供.即使可以提供也难以解决这一问题。因为造成此种差异的原因是多方面和复杂的。

1.患者体内的因素:包括感染的部位,有无合并症,患者的免疫功能状态(白细胞、补体、抗体、细胞因子等质和量的差异),以及患者的肾功能、血清白蛋白含量等。

2.药物的因素:包括药物在组织中的分布,在感染部位的浓度,用药的途径、时问和剂馈,药物的吸收、排泄率,扰菌药物的抗生素后效应,可能存在的药物之间的相互作用等。

3.感染菌的因素:包括不同地域的不同菌株差异,感染菌量,细菌的毒力因素,细菌复杂的耐药机制等(仅以β内酰胺酶为例,目前不完全统计已有TEM酶185种,SHV酶140种,CTX-M酶113种,金属酶60种,OXA酶198种,KPC酶11种)。

4.影响测定结果的试验因素:(1)CLSI文件的普及程度差。据一项调杳结果,即使在美国CLSl文件中最重要的测定药物的选用建议的实际遵循率,对不同的药物只在7%和73%之间。(2)MIC和抑菌环直径测定结果需时较长.难以提供及时结果。(3)药敏试验是体外试验,与患者体内情况有很大差异。(4)虽然有质量控制手段,但测定方法中仍有许多因素影响结果的准确性,体外测定和判定方法尚待进一步完善。

        以上说明MIC和抑菌环直径只能是提示临床选用药物及其疗效的因素之一。有的专家认为,药敏折点是因病种和病原菌而异、因地而异的,这必然会影响药敏结果。因此提出了“个体化的药敏试验报告”的观点。

三、怎样实现个体化药敏试验报告这一更高同标

        首先要认识日前推荐的药敏试验折点的局限性。较理想的是能制定适合我国、甚至本地区的感染菌谱特点的药敏折点。对此,国内一些专家已有共识。但这绝非检验科能独自完成的大工程。

        检验科积极参与药敏试验的临床结局的研究。进行临床结局的研究并非易事.需多学科协作。专家们呼吁“检验科专家应走出去,与临床和药物学家共同对大量的药敏折点与临床结局的相关性进行回顾性研究,得出可靠数据”。

        为解决药敏试验的及时性问题,当前应提倡及时的“序贯报告”法,即先通知临床细菌培养的阳性结果,继之初步鉴定结果,初步药敏结果,最后报告终结的鉴定和药敏结果。

        直接检验感染菌的耐药机制(决定簇)。如MRSA的mecA基因,肠杆菌的ESBLs等。但由于细菌的耐药机制极为复杂.许多细菌同时具有多种耐药机制,这不仪需要基因芯片等高通量的检测技术和较高的检测成本,也难以解决基因型与表型不一致等问题。当然,作为一种方向还是值得研究。

        积极研制“个体化的药敏试验报告”分析软件。我国专家也提出过“应该启用数据挖掘智能系统来处理结果”。一些国外厂家的药敏分析系统(专家系统)已有应用,但仅限于提示结果中的问题,系为实验室所用。此处所指的分析软件是为临床所用。软件需要综合患者的临床结局的各种影响因素,共同形成一分析报告软件。改变依药敏结果的单一因素报告为全面综合的分析性报告。这个软件的内容除细菌鉴定结果,MIC或抑菌环直径外,应有患者的资料,如感染部位,体征,免疫状态,药物过敏史,体重,肾功能,血清白蛋白含量等。要有用药的途径、剂量和时间,患者的适应性.药物的PK/PD、Monte Carlo分析参数,药物间相互作用以及药物的价格等。关键的是各种因素在临床结局中的权重,软件运作的数学模型等复杂问题。实现“个体化的药敏试验报告”绝非易事。要靠多学科的专家来协作编制,才能完成这一关系重大的任务。

        特别要指出,CLSI药敏折点在目前仍然是无可替代的。认真执行国标仍是细菌检验的首要责任。尤其我国幅员辽阔。各级医院对国标的执行情况差距极大,推广应用的任务仍很艰巨。我们既要扎实地执行好国标;又要放眼未来、向更高目标不断努力。

 

(来源:中华检验医学网)