R绘制基因突变circos图的方法
Circos图,又称Chord Diagram,中文名:和弦图,在基因突变的高大上文章中非常常见,主要用于快速查看个体基因突变位点的主要染色体分布区,以及不同染色体突变频率的分布情况。偶然间看到R绘制该图的方法,学习了一下,跟大家分享一下。
如下表是经过整理过的一个样板数据:
ID |
Chr.1 |
Chr.2 |
Chr.3 |
Chr.4 |
1 |
105 |
450 |
92 |
96 |
2 |
20 |
46 |
78 |
33 |
3 |
118 |
553 |
94 |
317 |
4 |
100 |
18 |
108 |
104 |
简单解释即是:个体1在1号染色体上有105个突变位点,2号染色体上有450个突变位点,3号93个突变位点……
这张表如果用Circos图来表示如下:
真正的测序数据远比示例中的表格复杂很多,通常原始数据很可能是下面这样的矩阵形式:
不管你信不信,对于生物信息学的人来说,Circos图远比那张乏味的表以及上面这张毫无特色的矩阵图好看很多。
具体编码如下: