Genomic landscape of cell-free DNA in patients with colorectal cancer

Cancer Discovery (AACR主刊，SCI影响因子20.011)

PublishedOnline First December 1,2017 
doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-1009

《Cancer Discovery》近日发表了一篇研究文章，详细介绍了由美国哈佛大学麻省总医院Ryan B. Corcoran和MD Anderson癌症中心Scott Kopetz牵头研究的结肠癌患者体内血浆游离DNA（cell-free DNA, cfDNA）的基因图谱全景，为癌症的液体活检的临床应用再添重要信息。

Scott Kopetz

RyanB. Corcoran

近年来，以分析癌症患者血液中血浆游离DNA（cfDNA）的液体活检技术越来越多的被用于临床，然而cfDNA序列是否与肿瘤组织中测得基因组学数据一致尚不明确，因而这一技术是否能够为临床研究服务尚有疑问。在这篇文章中，美国的多家科研团队分析了来自1397名结肠癌患者的cfDNA二代测序数据，证明cfDNA的基因组学变化频率与三个独立的结肠癌患者肿瘤组织测序数据来源是相符的。进一步的分析还发现了一个新的EGFR胞外区域突变族群，这一突变可能通过阻断EGFR抗体的结合使得肿瘤组织产生抗性。EGFR胞外区域突变的患者显示了更高的肿瘤异质性，91%都具有多种不同的治疗抵抗性基因变化。对结肠癌患者cfDNA的表征一定程度上定义了结肠癌液体活检的基因图谱，也为结肠癌基因信息的完善提供了重要依据。

cfDNA前二十位基因突变频率与TCGA等肿瘤组织的测序数据来源比较显示，两类数据的基因突变频率基本相符。
 

EGFR胞外区域的突变在cfDNA中不止出现了一簇。图中显示了三个比较集中的氨基酸取代区域，其中 441位的缬氨酸和465位的甘氨酸取代占比最多。
 

本文作为结肠癌患者cfDNA研究的第一批大规模基因组学表征谱，证明了液体活检有能力探测到与实体肿瘤组织相类似基因组学变化和近似的突变频率，同时也可能发现一些对实体肿瘤直接测序的过程中无法发现的新的突变位点。这些结果将对癌症患者的治疗提供新的思路，同时也为早期结肠癌的预测和诊断提供了十分重要的依据。

Title: Genomiclandscape of cell-free DNA in patients with colorectal cancer

DOI: 10.1158/2159-8290.CD-17-1009