单基因遗传病的致病位点人群频率筛选阈值多少为好
前言
前些天微信群里讨论一个案例，某疑似遗传病患者在某显性基因上发现一个新发突变位点，但是该位点在ExAC数据库和gnomAD数据库的亚洲人群频率为0.6%，游侠不能肯定,建议看临床表型是否相符，群里的某位老师认为根据这个频率可以直接排除，并分享了一篇相关文章（PMID: 28166811，回复数字获得全文），游侠觉得受益匪浅，特与大家分享。
很多时候，在临床上我们都需要根据候选位点在人群中的频率来评估其致病性，但是究竟多少列入考虑范围目前并没有定论，特别是有些低外显率的致病位点，其频率甚至达到0.1以上，估计这也让很多遗传分析师非常头疼，阈值设的太高（如0.05），候选位点就太多，阈值设的太低（如0.0001），万一致病位点被排除了怎么办，根据游侠私下交流一般的国内机构都把该值设为0.01，那么这个值科学吗？
（上图中大部分已知致病位点都是频率非常低的）
根据ACMG致病性指南：allele frequency greater than expected for disorder是一个强良性证据，这里对于隐性遗传病，等位基因频率如果为0.01，则该基因导致的遗传病患病率为0.01X0.01X0.25=4万分之一，因为遗传病很少有统计好的患病率，大概估计一下遗传病都是低于4万分之一的，也许这是阈值设为0.01的由来。下面我们来看看作者是如何来确定筛选阈值的。
结果分析
作者首先从ClinVar数据里筛选BRCA1和BRCA2基因上可信（多个研究者认为致病）的1364个已知致病位点，然后看出这些致病位点在ExAC数据中（包括60706个正常人全外显子数据）的频率，其中1163个（占比85.3%）在ExAC数据中没有记录，150个（占比11%）只出现一次，总的来说99.4%的已知致病位点其等位基因频率在0.005%以下，有14个致病位点在3个及以上的人中出现，这些位点都是人种特异的奠基者突变（Founder mutation）或多篇文献报导（如下图）。最高的一个突变是BRCA2 c.5946delT，人群频率0.027%。
接下来作者又评估了31个与遗传性肿瘤综合征相关的已知致病突变，这些基因都是成年发病的非完全外显致病基因，绝大部分（97.5%，576/591）位点都是低于0.01%，其他位点也都是奠基者突变或多篇文献报导。
然后作者又评估了原发性纤毛运动障碍的25个基因，这些基因都属于隐性遗传，理论上携带单个杂合突变的无症状携带者在ExAC数据库中会比较多，另外还分析了21个心脏病相关基因，需要说明的是ExAC数据库中有一个重要的数据来源是心肌梗死遗传学联盟，所以这些基因致病位点理论上会在ExAC中以更高的频率出现，结果这46个基因的742个致病位点没有一个频率高于0.05%。
最后作者认为根据ACMG指南，结合本文研究，当候选位点在ExAC频率大于0.01%（即万分之一）即可认为是强良性证据，当然要小心奠基者突变。
个人观点
游侠认为考虑奠基者突变效应以及低外显率的高频致病位点，对候选位点进行HGMD专业版数据库进行扫描非常必要，作为第一轮筛选策略将频率阈值设为万分至一是合适的，但是如果为阴性结果，特别是隐性遗传病，放宽阈值重新筛选也是必要的。欢迎留言发表你的观点。
