使用组织检测，还是外周血检测，哪一种基因检测方式比较好？

2017-07-29 08:06:19基因谷

有患者疑惑抽血做基因检测的结果是否准备，圈圈这里就组织检测和外周血检测做一下科普。

一、基因检测的方法有哪些？

主要有3大类：组织学标本，细胞学标本，血液学标本。其中，组织学标本又分为手术标本和活检标本。

二、选择哪一种检测方法，有一个判断标准

1、技术灵敏度和特异性：敏感性是指灵敏度，就是指其能测出多少丰度（即突变程度）的。特异性通俗的讲就是准确性，就是结果对不对，测的是不是这个东西。

2、CFDA认证：基因检测技术必须先形成技术标准、经过严谨的临床验证确定产品质量稳定，检测数据可靠、专家评审通过后才能通过CFDA上市。只有通过CFDA认证的产品才真正算得上是靠谱的。

三、组织基因检测手段

目前临床常用的检测方法有9种：

（一） Sanger测序法

（二）焦磷酸测序

（三）免疫组化（IHC）

（四）扩增阻滞突变系统（ARMS）——操作简便、准确性高，已成为大部分医院常规使用的EGFR突变检测方法。

（五）数字PCR（DigitalPCR）

（六）高分辨率熔解曲线（HRM）法

（七）荧光原位杂交（FISH）

（八）新一代测序（nextgeneration sequencing，NGS）

NGS技术具有通量大，可检测未知突变等优势，但由于不同测序平台结果展现的出较大分歧，导致这项技术尚未建立标准，也没有获得CFDA批准的产品上市。

（九）荧光定量逆转录PCR(Q-RT-PCR)

相比NGS技术，在灵敏度和准确性一致的前提下，RT-PCR在价格, 时间，操作上更占优势，并且已经有获得国家CFDA批准的产品上市

四、外周血基因检测手段

外周血基因检测的原理是癌细胞在人体内不断地分裂，但是又受到药物、免疫系统的攻击，以及癌细胞之间的竞争等因素，很多癌细胞裂解了，其内容物DNA片段释放到血液里，这个叫循环肿瘤DNA，也叫ctDNA。

常见的检测手段有：

1、罗氏诊断Cobas

cobas® EGFR Mutation Test v2，这是一款以血液为基础的、用于特罗凯的伴随诊断试剂盒。这是一种多重qPCR检测，能够扫描ctDNA或组织来源的DNA，定性检测EGFR基因上七个位点的42种不同突变。

2、Taqman-ARMS

ARMS法即扩增阻滞突变系统，也称等位基因特异性PCR。用PCR对突变基因进行检测时，只有与突变DNA完全互补的引物才可延伸并得到PCR扩增产物。该方法先通过等位基因特异性引物将DNA突变点富集；然后用设计的TaqMan荧光探针将富集的DNA突变点通过荧光信号的积累检测出来。

3、Bio-Rad微滴式数字PCR（DDPCR）

微滴式数字PCR系统在传统的PCR扩增前对样品进行微滴化处理，即将含有核酸分子的反应体系分成成千上万个纳升级的微滴，其中每个微滴或不含待检核酸靶分子，或者含有一个至数个待检核酸靶分子。经PCR扩增后，逐个对每个微滴进行检测，有荧光信号的微滴判读为1，没有荧光信号的微滴判读为0，根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例即可得出靶分子的起始拷贝数或浓度。

4、BEAMing数字PCR

BEAMing数字PCR检测是结合了磁珠法乳浊液扩增和流式细胞术的一项技术，灵敏性高，而且能对肿瘤DNA分子突变进行定量。

5、二代测序平台

NGS技术平台可并行检测成百上千的基因,可检测原发肿瘤、转移灶甚至外周血中游离的肿瘤DNA（ctDNA）和RNA。相对于传统的Sanger测序法，NGS法避免了克隆过程，直接使用接头进行并行PCR(聚合酶链反应)、测序反应，因此其数据通量得到大幅提高，可以在更短的时间内对更多的DNA 进行测序。

NGS分为三个层面，第一个是全基因组测序，就是测肿瘤患者的DNA；第二个是测全外显子，测肿瘤患者的mRNA；第三个叫目标区域富集的NGS，英文叫CAPP，capture-based的NGS（市面最常见的）。

ctDNA的检测方法有各种各样的敏感性，总体而言，如果EGFR突变以后，ctDNA检测的敏感性方法不同，但是基本上是在60%-80%左右。也就是说，ctDNA如果检测不出，就是它的假阴性率在20%-40%，各种方法不同，假阴性率也不同。

五、组织和外周血基因检测的选择策略

肺癌基因具有时空异质性。单次组织活检只能分析肿瘤的一部分，可能会错过别处存在的突变。同时，也不可能经常取得肿瘤组织进行基因检测。相比之下，液体活检则更容易，更好地反映整个肿瘤的突变时空分布。这两种检测方式是互为补充的。

外周血基因检测被应用于肿瘤基因检测，原因是肿瘤存在异质性，即肿瘤在时间、空间上具有异质性，肿瘤细胞不断进行突变，这导致穿刺取组织时，不管取到患者的哪一个地方，都会存在取样偏差，检测到的基因突变信息并不代表其他肿瘤病灶的遗传突变信息。这是穿刺活检一个不可避免的问题。实际上也有很多种案例，组织检测的基因突变找到了靶向药物，使用药物后多个病灶都控制的很好，就是某个病灶不行，那就是异质性。抽血则部分上可以克服这一异质性。

2016年的ASCO（美国临床肿瘤学会）会议报道了使用三种检测方法对CO-1686临床的患者组织（Qiagen NGS）、血液（BEAMing法）以及尿液标本（Trovagene NGS）进行EGFRT 790M突变检测。结果显示：血浆检测T790M突变与组织T790M的一致率为81.5%，尿液检测的T790M突变与组织检测的一致率为83.8%。

总的来说，选择哪种检测方式要根据具体情况来选择。

组织活检的特点，优点是金标准，癌细胞比例高，但是缺点是取样困难，患者受到痛苦大，再就是肿瘤具有的异质性。液体活检的优点是重复获取容易，可动态监测，可以克服肿瘤的异质性，但是缺点是浓度低。

主要看哪种方式更适合患者，如果是了解肿瘤分子分型，即肿瘤分型，那么组织检测是金标准；如果是在刚确诊时，需要了解基因突变情况，可以把活检组织顺便送去做基因检测；如果确诊之后再做基因检测，可以选择组织检测，也可以选择外周血检测。