3种最好用的基因组浏览器/编辑器(Genome Viewers/Editors)
当您需要在分子生物学中看到“大局”时，您需要查看感兴趣的生物体的整个基因组。
从我所看到的，大多数人不这样做；研究人员一般的工作计划只包括深入基因组来寻找特定的基因/蛋白序列（除非它们的工作包括基因组分析，系统发育等）。
其实整个基因组视图（genome view）不仅能帮助您全面的了解正在研究的系统，还可以为一些研究提供非常有用的策略，如敲除和同源重组，在这些研究中，提前知道什么是围绕你的目标序列是至关重要的。
一些在线和离线的基因组浏览器可用，每个都有自己的优缺点。下面给大家推荐3种最好用的基因组浏览器/编辑器。
Artemis
Artemis是Sanger研究所提供的基因组浏览器。它是一个基于java的工具，具有3盘式界面窗口，以各种分辨率描绘基因组。不同分辨率之间的交替是有点棘手的，但一旦掌握了它，这不应该是困难的。还有一个搜索工具可以让您跟踪您要查找的特定功能。
Artemis的一个很大的特点是它允许编辑序列注释和功能。虽然这个工具不是很完美，有时候有点繁琐，但确实能完成一些工作。
Artemis支持最常见的文件类型-EMBL，GENBANK，FASTA或原始格式。可以以EMBL，GENBANK或GFF格式添加额外的序列特征。
我最喜欢Artemis的一点是：Artemis有一个网页版本和一个脱机版本，这意味着一旦你习惯了，你可以在有Java的任何一台电脑上运行它。
Apollo
Apollo基因组浏览器是另一个基于java的基因组浏览器和注释工具。它是运行大多数在线基因组浏览器的Gmod项目的一部分。该工具来自伯克利果蝇基因组计划和Sanger研究所之间的合作。 Apollo拥有与Artemis所提供的功能相似的功能，但我发现该界面的用户友好性差。但这只是一个个人意见，所以Apollo和Artemis，您都可以尝试下，并决定哪个适合自己。再次，用户指南将帮助您充分利用Apollo。
The NCBI Genome Workbench
NCBI基因组工作平台不仅仅是基因组浏览器。顾名思义，它是一个完整且可自定义的工具，可让您组织序列数据，您可以从NCBI数据库或自己的文件中检索项目，然后以各种方式查看和操作它们。没有在线版本，但下载和安装NCBI基因组工作台是非常简单的。
该软件允许您查看序列，比如平面序列文件，系统发育树，对齐及更多。
优秀的可缩放图形模式是这个工作平台的真正实力。它可以让您轻松地浏览不同细节级别的序列数据 - 单个基因可以单独观察或在其基因组背景中进行查看，并可从图形视图直接进行比对。还提供了一套好的对齐分析工具，BLAST和分析结果可以保存到您的项目中，这使您可以很好地跟踪序列数据和分析。
该工具支持相当多的文件格式，我没有使用FASTA和大多数其他文件格式的问题。然而，当我尝试导入一个GFF3格式的Dictyostelium完整的第一染色体时，该程序不断崩溃，所以很明显，一些bug仍然需要解决。
NCBI基因组工作台提供一个非常好的想法，和一些有用的工具，使该工作平台成为很多研究人员的首选。该网站有一套全面的说明教程，可帮助您快速掌握使用方法。
还等什么，赶紧去尝试一下如上提到的3种Genome Viewers/Editors吧！总有一款会适合您的研究。
