只分析驱动基因突变，你就out啦
导读
随着测序技术的发展，肿瘤研究已经进入到多组学结合的模式，研究者从基因组学到表观组学对117多例肾母细胞瘤患者进行遗传信息分析，希望找到肾母细胞瘤的多种分子标记物，用于指导临床诊疗。
肾母细胞瘤是婴幼儿常见的恶性实体瘤之一，占15岁以下小儿泌尿生殖系统肿瘤80%以上，其病理组织类型包括2种类型：预后良好型（FHWT）和预后不良型（DAWT）。与其他儿科恶性肿瘤相比，多数肾母细胞瘤预后较好，但FHWT复发患者与DAWT患者的治疗效果仍较差。因此，研究者希望通过肿瘤基因组学特征细化患儿危险分层系统，指导个体化治疗，提高患者生存率。
来自美国芝加哥儿童医院及安德森癌症中心的研究者对117例肾母细胞瘤患儿进行了多基因组学分析，探索肾母细胞瘤多组学的基因特征，研究结果发表在最新的Nature Genetics中。
研究者按照发病比例，分别入组了78例和39例FHWT及DAWT患儿，通过全基因组测序、RNA-seq、SNP芯片及450K芯片的方法对患者肿瘤组织及配对正常肾组织进行检测，构建肾母细胞瘤的DNA突变谱、基因表达谱、miRNA谱、CNVs谱及甲基化谱。结果显示：肿瘤高频突变基因包括TP53、CTNNB1及DROSHA等，显著差异表达的基因主要富集在1q等区域，显著表达差异miRNAs有let-7a等，甲基化模式显著差异位点集中在11p15等区域。研究者通过这些差异基因信息，将肾母细胞瘤患者分成6个亚组。
研究者后续将开展验证试验，目前已经在651例肾母细胞瘤患者（533例FHWT和118例DAWT）进行高频突变基因的验证，在440例患者中检测到了变异。
该研究是首次对肾母细胞瘤进行多组学分析建立肾母细胞瘤的多组学图谱，推测疾病发生发展的机制。研究者表示多数患者都携带多组学的基因变异，因此后续可能会对验证集患者进行RNA及甲基化的分析，并将其基因组信息与临床特征进行关联，筛选出特异性的分子标记物以完善危险分层系统，为肿瘤个体化诊疗管理奠定基础，给复发和高危患者带来新的希望。
未来肿瘤的研究方向将是多组学并行研究，从基因组学到表观组学，对肿瘤遗传学机制进行全面的分析，真正做到知己知彼，最终方能战胜肿瘤。
参考文献
Gadd S, Huff V, Walz A L, et al. A Children's Oncology Group and TARGET initiative exploring the genetic landscape of Wilms tumor [J]. Nat Genet. 2017.
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