高级别浆液性卵巢癌患者游离DNA中发现的BRCA1/2逆转突变
高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者如果携带胚系BRCA1/2突变，对化疗效果较好。但是BRCA1/2等位基因突变部位或邻近部位中继发的基因内突变（逆转）可以恢复蛋白功能，导致有临床意义的耐药出现。此外，如果既往因为其他恶性肿瘤（如乳腺癌）暴露于化疗，也可能导致逆转突变和患者在卵巢癌治疗中出现原发耐药。一项发表于Journal of Clinical Journal的研究分析了HGSC患者中循环的游离DNA（cfDNA）中发现的逆转突变与治疗反应的关系。总体上，继发的逆转突变应该发生在胚系等位基因附近，从而在阻断密码子之前恢复读码框架。因此，在170个碱基对的cfDNA框架中应该可以检测出来绝大部分逆转突变，而无需了解任何逆转事件的序列情况。当然，有些逆转突变可能会在此框架之外（如全外显子缺失），由于cfDNA片段较小，以这种无偏移方案在cfDAN中检出逆转突变可能有些困难。
研究中从30例携带BRCA1或BRCA2突变的HGSC患者中提取血清和肿瘤样本。其中14例是还没有接受初始肿瘤细胞减灭术的患者，16例是复发患者。其中24例患者获得了血清和肿瘤样本。靶向扩增的二代测序应用的引物针对胚系突变，这种设计不会产生对逆转序列的偏倚。
结果，发现5例患者有基因内突变，这些突变将恢复BRCA1/2开放性读码框架，包括2例有多发独立的逆转等位基因。这种逆转突变仅出现在复发患者中，以及发现肿瘤逆转突变患者的cfDNA中（3例）。来自1例多发独立逆转突变的患者中快速尸检的结果发现，转移部位的逆转等位基因频率是分析敏感的重要决定因素。在总体细胞游离DNA中过多的肿瘤来源的DNA（以TP53突变等位基因频率进行判断）也是影响分析敏感性的决定因素。所有肿瘤来源DNA逆转突变的患者对于铂类或多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂治疗均耐药。
可见，对于游离DNA的无偏移分析可以发现逆转突变，该逆转突变与高级别浆液性卵巢癌化疗敏感性有关。
文献引自：Christie EL, Fereday S, Doig K, etal. Reversion of BRCA1/2 Germline Mutations Detected in Circulating Tumor DNAFrom Patients With High-Grade Serous Ovarian Cancer. J Clin Oncol.2017;35(12):1274-1280.
