解码生命 守护健康

我们有个基因表达量数据库,不知你要不要试试?

2018-01-05 20:06:51古奥基因

 

无论在何种领域,数据库在很长一段时间里都是只用于查询,但是当生命科学研究进入高通量测序时代,数据库就需要在数据解读过程中发挥更大的价值。

早在古奥基因研发多组学数据库之初,就已经将其定位为集查询与展示多重功能于一体的专业化辅助工具,后续我们将为大家一一详解现有三大数据库具体功能。下面,我们有请本周的主人公基因表达量数据库闪亮登场!

基因表达量数据库

基因表达量数据库是通过对NCBI上现有的公共数据进行整理、分析,从而构建出的一套包含基因名称、基因表达量等信息的数据库。目前数据库主要针对大豆研究,提供510个大豆样本的表达数据,涉及大豆的不同发育时期、不同组织、真菌侵染、无机物耐性等条件下的基因表达情况,可协助复现大豆转录组测序实验分析结果,并结合基因注释信息为研究人员提供新的参考及数据关联信息。具体功能如下:

1

实验查询

支持模糊查询,可直接输入实验相关的任意字符,或根据实验的具体信息——Study、Tissues、Stages、Treat、Reference来获取实验信息


 

2

组织查询

在作物图或菜单栏上点击具体组织,即可查询到该组织的所有实验信息。


 

3

基因查询

可通过首页“热图谱”进入查询页面,输入基因的ID/NAME,手动选择感兴趣的基因进行查询
 


 

4

实验结果查询

展示以实验为单位的搜索结果,用户可以自定义设置表头,选择需要显示的表格内容,也可以对该列的字段内容进行筛选。

实验的类型主要分为两种:1)直接展示基因的表达量数据;2)对实验的比较组进行分析,展示差异基因的表达。



 

5

差异基因表达量展示

主要展示实验的部分基本信息及相关基因在各比较组中的时空表达数据。

1)根据Gene ID/Name搜索相关基因的表达热图,比较在不同比较组中的差异表达;

2)根据绝对值对热图结果进行筛选;

3)根据P值调整热图,显示筛选差异表达更显著的基因;

4)根据热图显示的结果,挑选感兴趣的基因,查看这些基因在所有实验中的组织特异表达信息;

5)对于比较组较多的实验,可根据具体组织、时期、处理、基因型、品种来选择需要在热图中显示的比较组。



 

6

基因表达量展示

展示实验的部分基本信息及相关基因在各样本中的时空表达数据。

1)根据Gene ID/Name搜索相关基因的表达热图,比较在不同样本中的表达量;

2)可以设置FPKM的范围来筛选满足条件的基因;

3)可以手动选择基因,查看这些基因的组织特异表达;

4)可以根据热图显示的结果挑选感兴趣的基因,查看其在所有实验中的组织特异表达信息;

5)样本较多的情况下,可根据实验的具体组织、时期、处理、基因型、品种选择需要在热图中显示的样本。


 

7

组织特异表达展示

1)热图

显示多种基因在所有组织的表达量,热图纵轴为基因,横轴为组织,组织细化到小分类,可以在图上查看基因在组织中表达量的具体值。

2)箱线图

可以根据热图的结果筛选出最感兴趣的基因(最多5个),在各组织中的表达量的统计值。

3)折线图

显示热图筛选的基因(最多5个)在各组织中的表达量的统计值,组织细化到小分类。


 


新的2018年,古奥基因生物大数据云平台各项产品的免费试用活动将持续进行,如果您对我们的基因表达量数据库有兴趣,欢迎点击文末“阅读原文”或古奥基因官网(www.gooalgene.com)注册试用!



元旦已矣,过去一年古奥基因的方方面面都有了重大变革与进步,在此感谢大家长期以来对我们的关注与支持,新的一年我们期待着与大家继续携手并进、共创精彩!祝愿各位朋友们笑口常开、喜乐常在!