预测甲基化对基因表达水平的影响--MethHC
在表观遗传学调控中DNA甲基化是最常见的调控方式之一。通常对DNA甲基化的研究是基于这个基因的启动子区是否存在甲基化岛，如果存在则进一步研究会不会影响基因的表达。我们之前介绍过使用Methyl Primer software v1.0对基因启动子区的CpG岛进行预测。那么该基因的甲基化是否会影响表达呢？今天我们就介绍一款可以提前预测的数据库—MethHC (http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)。
1、进入网页后选择“Gene Search”，选择与基因相关的疾病，该数据库是基于TCGA的，所以TCGA数据库中含有的癌症都可以选择：
2、选择甲基化的区域：Promotor、3’UTR、5’UTR等，这里选择“Promotor”：
3、MethHC中有两种方式来搜索所要查找的基因，一种就是直接输入基因的名称，如果多个基因可以用“，”隔开；另外一种可以根据通路选择某一通路上的全部基因进行观察。
4、这里我们选择“cesc: Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma”；“promter”；输入“CDH13”基因。点击“search”，可以看到多个转录本甲基化的信息：
5、从第一个转录本的结果可以看出：启动子区甲基化和非甲基化表达的差异，CDH13在宫颈癌中明显的高甲基化：
6、点击箱式图便可以查看基因的表达与甲基化之间的关系：
可以看到CDH13的甲基化和其表达存在负相关的关系。说明CDH13启动子区的高甲基化可能导致其基因表达的降低。
同时，也可以查看详细的数据信息：
