『鱼话基因』第叁辑

2017-09-06 20:00:02瀚垚生物医学

如何解决NGS捕获测序临床检测的假阴性问题（第一期）

好的工具，让复杂遗传病易于被诊断

导语

以HPO表型工具为纽带，连接海量基因数据与纷繁临床症状。

用真实临床案例为例证，聚合NGS检测应用与临床诊断实践。

背景

常染色体隐性遗传疾病，致病原因通常为纯合突变或复合杂合突变致病，但在数据解读过程中经常发现临床症状符合的基因，只有一个单杂合位点的情况。

根据多年的数据解读经验和国外实验室的经验，通常有如下几个原因：

1、测序质量问题，另一位点未测序检测到，或生信流程导致突变未被检测。

2、外显子水平拷贝数变异问题。

3、基因外显子内断裂或基因的重组。

下面几期专题将结合国内外文章和临床实际检测中的案例，系统阐述作为基因数据分析师如何利用工具，练就火眼金睛，让阳性案例不要从眼前溜走。

临床信息

临床信息：患者男，9岁。

重点关注：重点怀疑Alport综合征，但临床未见到泡沫细胞。肾衰，无蛋白尿，肾活检提示慢性间质性肾炎。

家族史：患者和哥哥出生时均出现先天性失明。哥哥严重肾衰。父母体健。

核心HPO表型：

HP:0000077,Abnormality of the kidney（肾脏异常）;

HP:0000618,Blindness（失明）;

生产数据质量：平均测序深度120乘，20乘以上99.5%（IDT 遗传病PANEL）。

案例分析

SierraVast遗传类疾病标准分析流程

bpvast智能化筛选（排名第二位）

表型叠加基因群（肾脏异常+失明）：

MEN1 UBAC2 ALMS1 OFD1 CEP290 C4A FRAS1 ZNF423 TMEM67 CEP164 FBN1 IFT172 FAS HLA-DRB1 ERAP1 PQBP1 LAMB2 TMEM216 TMEM138 IFT140 NLRP3 FKRP KLRC4 IL12A-AS1 CC2D2A FREM2 XRCC4 LARGE1 BTNL2 NAA10 GNAS CCR1 STAT4 ATRX LRP5 IL10 PLG AIP IL23R BMP4 MEFV TLR4 GRIP1 FKTN PIK3R2 TTC8 POMT1 POMT2 C8ORF37 HLA-B BCOR TMEM237 TMEM231 IL12A ARL6 BBS2

数据分析

单杂合携带还是另外一个致病突变有待发现？（临床表型高度符合）

Joubert相关综合征是一种常染色隐性遗传疾病。临床表现为小脑性共济失调、动眼不能、新生儿呼吸异常以及精神运动性延迟；神经放射学特征为小脑蚓部发育不全/发育不良、小脑上脚增厚且重定向、脚间窝异常加深，在横截面图片上形似臼齿（臼齿征）；其它可见的症状包括：视网膜营养不良、肾疾病。5型的神经病学和神经放射学特征为视网膜营养性萎缩症和（或）进行性肾衰竭（以肾单位肾痨为特征）。

数据库分析

恶性突变为主（第一个位点符合）

HPO表型：

新生儿呼吸调节异常、中枢性呼吸暂停、阵发性呼吸急促、肌张力减退、肾消耗病、肾皮质囊肿、慢性肾病Ⅴ期、肾浓缩能力障碍、智力残疾、共济失调、小脑蚓部发育不全、小脑上脚增厚、磁共振磨牙征、小脑蚓部发育缺陷/发育不全、视网膜缺损、毯层状视网膜变性、眼球震颤、动眼运动异常、先天性失明、常染色体隐性遗传